Um auch die Frage in der Überschrift zu beantworten: Referenzen auf Counter erhält man, wenn man den Zähler mit refstepcounter erhöht:
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\documentclass{article}\newcounter{gesamtpunktzahl}\setcounter{gesamtpunktzahl}{0}% Befehl für Punkte\newcommand{\punkte}[1]{\textsf{\ifnum #1 = 1 #1 Punkt\else #1 Punkte\fi}%\addtocounter{gesamtpunktzahl}{#1}\addtocounter{gesamtpunktzahl}{-1}\refstepcounter{gesamtpunktzahl}}\begin{document} Die Punktzahl nach der ersten Aufgabe auf Seite \pageref{a} ist \ref{a}, Die Punktzahl nach der zweiten Aufgabe auf Seite \pageref{b} ist \ref{b}, Die Gesamtpunktzahl ist \ref{gesamt}. Aufgabe 1: \punkte{4}\label{a}\newpage\punkte{5}\label{b}\newpage\punkte{10}\label{gesamt}\end{document}
